Sadece NGS, primer/probe hizmetleri sağlamakla kalmayan Letgen Biyoteknoloji aynı zamanda müşterilerine Sanger Sekanslama hizmeti de sunmaktadır. 1977 yılında Frederick Sanger ve çalışma arkadaşları tarafından geliştirilen bu yöntem, türkçe ifadesi “zincir sonlandırma” olan bir felsefeye dayanan yaklaşımla DNA’daki nükleotit dizilerini tespit etmemize olanak tanır. Günümüzde geniş çaplı sekanslamalar için Next Generation Sequencing methodları kullanılıyor olsa da hala Sanger Sekanslama sıkça başvurulan bir yöntem olarak yerini korumaktadır.
Temel olarak 3 aşamaya sahip olan bu sekanslama yönteminin basamakları;
- Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR),
- Dizileme reaksiyonu ve
- Jel elektroforezi sonrası bilgisayarda analiz olarak özetlenebilir.
Sanger sekanslama işlemi enzime bağlı bir sekanslama yöntemi olmasından dolayı işlem sırasında DNA polymerase enzimine ihtiyaç duymaktadır. DNA polymerase ile beraber aynı zamanda primer, tek zincirli template DNA, dNTPs ve ddNTPs gerekmektedir.
Sanger sekanslamada önce DNA tek zincir haline getirilir. Reaksiyona girecek olan karışımda bol miktarda dNTP ve diziyi sonlandırmak için farklı renkteki floresan boyalarla işaretlenmiş ddNTP’ler bulunmalıdır. DNA polymerase I ise zinciri uzatmak için gereklidir.
Restriksiyon enzimleriyle kesilmiş olan DNA parçaları, denature edilerek tek iplikçikli hale getirilir. Bu denature edilmiş parçalar daha sonra reaksiyon tüplerine aktarılır ve içerisine primerler eklenir. Parçalanmış DNA ve primerlere ek olarak tüplere dNTP, ddNTP ve DNA Polymerase I eklenir.
25 yıldan fazla tecrübeye sahip ve Avrupa’nın önde gelen sekanslama hizmetini veren şirketlerinden biri olan Microsynth ile çalışmakta olan Letgen Biotech ise, müşterilerine hızlı ve güvenilir sonuçlar sunmaktadır. Hem PCR ürünleri hem de Plasmid için Sanger Sekanslama hizmeti vermekte olan Microsynth, aynı zamanda özel barkodlu plateler ile de okuma gerçekleştirebilmektedir. Tek tek barkodlu etiketlere sahip tüpler içerisinde ve 96 örneği tek seferde okuma gerçekleştirebilen plate sekanslama olarak seçeneklere sahiptir. Standart ve gelişmiş sekans hizmetleri ile müşterilerimizin tüm ihtiyaçlarına cevap verebilmekteyiz.
1100 bp uzunluğuna kadar okuma yapabilen aynı zamanda Phred20 kalitesinde daha uzun okumalar sunan Microsynth, ISO/IEC 17025:2017 akreditasyon sertifikasına sahiptir. Tüm laboratuvarları akredite edilmiş olup 1 günde okumayı tamamlayıp sonuçları sizlerle haftaiçi çalışma saatleri içersinde ulaştırmaktadır. ISO 9001: 2015 , EN ISO 13485: 2016 kalite sertifikasına ve GMP kalite sertifikası ile sanger sekanslama uygulamalarını gerçekleştirme yetkinliğine sahiptir.
Uygun maliyetli moleküler çözümler sunmakta olan Letgen Biyoteknoloji ise teslim ettiği ürün ve sonuçların çalışma kalitesini vermekle kalmayıp, herhangi bir teknik nedenlerden dolayı ürünün çalışmama durumu ile karşılaşılması durumunda ücretsiz tekrar sekanslama hizmeti sunmaktadır. Standard primerler ile çalışma imkanı sunarken aynı zamanda spesfik primerler ile çalışma seçeneği de bulunmaktadır. Detaylı bilgi için lütfen research@letgenbio.com adresine mail atınız.
Her haftanın Çarşamba günü Microsynth’e sizlerden gelen örneklerin gönderimini gerçekleştiriyoruz ve Cumartesi akşamı sonuçlarınızı ham formatta teslim ediyoruz.
Ham data sonuç tesliminin ötesinde, istenildiğinde filogenetik ağaç çizme gibi ileri seviye analiz kısımlarında da alanında uzman çalışanlarımız destek sağlamaktadır. Filogenetik ağaç taleplerinizi bize belirtmeniz yeterlidir.
Örnek kabulümüz yalnızca 1,5 ml’lik mikrosantrifüj tüplerde mümkündür.
Örnek gönderimi için anlaşmalı kargo firmamız Yurtiçi Kargo olup, ücret alıcı gönderme seçeneği mevcuttur.
Gönderim +4 / +8 °C saklama koşullanrına uygun şekilde gerçekleşmelidir.
PCR ve Plasmid ürünleri için tek yön sekanslamada 20 µl ürün gönderilmelidir.
PCR ve Plasmid ürünleri için çift yön sekanslamada 40 µl ürün gönderilmelidir.
Primerler, 10 mM konsantrasyonda gönderilmelidir.
Aşağıda ise örneklerin hangi konsantrasyon değerlerinde teslim edilmesi gerektiğini inceleyebilirsiniz. Detaylı bilgi için lütfen bizimle iletişime geçiniz.
Template | Konsantrasyon |
Plasmid | 40-100 ng/µl |
PCR ürünler (pürifiye edilmiş veya edilmemiş) PCR 1000 – 2000 bp PCR 500 – 1000 bp PCR 250 – 500 bp PCR 100 – 250 bp | Genel Kural:Her 100 bp için1.5 ng/µl 30 ng/µl 15 ng/µl 7.5 ng/µl 4 ng/µl |
E.coli | 50 µl LB Medium ya da agar pleytte görünür bakteri kolonileri |
E.coli (Ecoli NightSeq®) | 1 mm çaplı koloni eklenir ya da 5 µl turbid sıvı kültür eklenir |