Skip to content

Oligonükleotid Sentezi ve Dizaynı

Güvenilir ve hızlı moleküler çözümleriyle dikkat çeken Letgen Biotech, oligonükleotid sentez hizmetiyle de en çok tercih edilen markalardan biri olmaktan gurur duymaktadır. Sadece primer/probe sentezi yapmayan aynı zamanda müşterinin isteklerine ve projesine uygun primer/probe tasarımı yapan Letgen Biotech, sekans dizilerini tasarlayarak anlaşmalı olduğu, bir İsviçre firması olan Microsynth’e gönderir ve sentez işleminin orada gerçekleşmesini sağlar. Oligonükleotid sentezinde öncü markalardan biri olan Microsynth, 25 yılı aşkın deneyimi ve son teknoloji cihazları ile donatılmış akrediteli laboratuvarını kullanarak işleme hemen başlar ve primer/probe ürünlerinin 3 gün içerisinde sentezleyerek Türkiye’ye sevkini sağlar. Microsynth’in hızlı ve güvenilir sevkiyat sözünü benimseyen Letgen Biyoteknoloji ise sentezlenen oligonükleotidleri hiç beklemeden, uygun koşullar altında müşterileriyle buluşturur. Sentezlenmiş olan oligonükleotidler kalite sertifikaları ile teslim edilir ve Letgen Biyoteknoloji’nin Araştırma/Geliştirme ekibinin bünyesinde bulunan, alanında yetkin teknik personelleri ise satış sonrası oluşabilecek herhangi bir sorun için daima hazırda bekler.

DyePositionExcitationEmission
5′3′int[nm][nm]
AlexaFluor 350XX 346442
AlexaFluor 430 / 430-dTXXX430545
ATTO 425XX 439485
FAM / FAM-dTXXX495520
ATTO 488XX 500520
Dyomics510XL / 510XL-dTXXX509590
TETX  521536
JOE / JOE-dTXXX522548
Yakima YellowX  530549
ATTO 532XX 532552
HEXX  535556
Dyomics530 / 530-dTXXX539561
Cy3 / Cy3-dTxXX546563
ATTO 550 / 550-dTXXX554576
TAMRA / TAMRA-dTXXX564579
ATTO 565XX 564590
ROX / ROX-dTXXX576601
Texas RedX  586610
California Red (Texas Red replacement)X  595615
ATTO 590XX 594624
ATTO 620XX 619643
Dyomics630XX 636657
ATTO 647N / 647N-dTXXX646664
Cy 5 / Cy5-dTXXX646662
Methylene Blue (ATTO MB2)XX 668x
Cy 5.5XX 683705
Dyomics681XX 691708
Cy7XX 750773
Dyomics781XX 783800

qPCR çalışmalarının başarısı büyük ölçüde doğru primer tasarımına ve PCR okumasının gerçek zamanlı yapılmasını sağlayan fluorasan reporterlara bağlıdır. Floresan reporter boyalar genellikle DNA-binding özelliğine sahip boyalardır örnek olarak SYBR-Green veya floresan boyalı primer/probelar örnek gösterilebilir. Yukarıdaki tabloda da görülebildiği üzere Microsynth, primer/probe boyaları alanında müşterilerine geniş bir seçenek yelpazesi sunmaktadır. Çalışmanıza ve bütçenize en uygun yöntemi yetkin teknik personellerimize danışarak sizler kendiniz de karar verebilirsiniz.

Yukarıda da bahsedildiği üzere Real-Time PCR uygulamalarında gerçek zamanlı takibi sağlayan faktör floresan reporterlardır ve kullanılan floresanlı moleküller bakımından ikiye ayrılır. DNA binding dye’lar ve Sekansa spesifik boyalı probe’lar.

DNA binding dye için verilebilecek en güzel ve en yayın örnek olan SYBR Green, çift sarmal yapıdaki DNA’nın küçük bir bölgesine bağlanır ve hafif bir ışıma yapar. Her döngüde, amplifikasyon arttıkça floresanlı kısım da artacağı için ışıma da artar ve gerçek zamanlı izlemeyi mümkün kılar. SYBR Green PCR koşullarında stabildir ve kanserojen madde içermez. Bu işlem için EtBr de kullanılabilir, eskiden bu yöntem daha çok tercih ediliyordu fakat kanserojen olması sebebiyle günümüzde safe-dye’lar daha sık kullanılmaya başlanmıştır.

Real-Time PCR’da diğer bir yöntem olan boyalı probelarda ise durum farklıdır. Bu yöntemde probelar hem floresan reporter boyalarla hem de quencher boyalarla işaretlenir. Bu probelar sadece sekansa spesifik primerler sayesinde oluşan PCR ürünlerine bağlanır ve kantifikasyon için izlenen floresan sinyali o zaman meydana gelir. Farklı probeları farklı boyalarla işaretleyerek aynı anda birden fazla farklı PCR ürünü elde edilebilir, bu durum multianalysis için olanak sağlar.

Probelar belirli sekanlar için tasarlanmış olan primerler ile oluşturulmuş PCR ürünlerine bağlandığı için yüksek hassaslığa sahiptirler. Fakat sekans-spesifik işaretli probeların tasarımı zahmetli ve maliyetli olabilir. Günümüzde hazır olarak en çok kullanılan probelar ise; TaqMan(Hydrolysis probes), Scorpion, FRET(Hybridization probes) ve Molecular Beacons örnek olarak gösterilebilir.

Müşterilerimizin en çok tercih ettiği, farklı teknolojileri içinde barındıran geniş probe seçenek yelpazesinde; FRET, MGB ve LNA probları da yer almaktadır.

Projenize hangisinin daha uygun olduğunu bizlere danışarak karar verebilir veya sizler için bu aşamayı tamamlamamızı isteyebilirsiniz. 

DNA oligo sentezinde geniş seçenekler sunan Microsynth, sadece sentezleme hacmi ve saflaştırma yöntemini seçmenize olanak sağlamakla kalmaz, aynı zamanda istediğiniz modifikasyonları yapmanıza da olanak sağlar. DNA oligo sentezlerinde baz alınan ölçekleri aşağıdaki tablolarda inceleyebilir, modifikasyonlar hakkında detaylı bilgiyi  research@letgenbio.com e-posta adresimizden talep edebilirsiniz.

Desalted DNA Oligos     
Synthesis scale1Length RestrictionGuaranteed Yield2Average Yieldproduction time [wd]
[OD260][nmol]3[OD260]2[nmol]3
Genomics13 – 602108401
0.04 µmol13 – 803159451
0.2 µmol6 – 15041050201001
1.0 µmol6 – 8050250804001
15 µmol13 -607003’5001’0005’0002

 

HPLC Purified & Dialysed DNA Oligos     
Synthesis scale1Length RestrictionGuaranteed Yield2Average Yieldproduction time [wd]
[OD260][nmol]3[OD260]2[nmol]3
GenomicsSentezlenemez
0.04 µmolSentezlenemez
0.2 µmol8 – 5053156303
1.0 µmol8 – 5051575201003
15 µmol8 – 502001’0004002’0004

 

HPLC Purified DNA Oligos      
Synthesis scale1Length RestrictionGuaranteed Yield2Average Yieldproduction time [wd]
[OD260][nmol]3[OD260]2[nmol]3
GenomicsSentezlenemez
0.04 µmol13 – 50154202
0.2 µmol6 – 5053157352
1.0 µmol6 – 5051575261302
15 µmol6 – 53001’5005002’5003

 

PAGE Purified DNA Oligos    
Synthesis  scale1Length RestrictionGuaranteed Yield2Average Yieldproduction time [wd]
[OD260][nmol]3[OD260]2[nmol]3
GenomicsSentezlenemez
0.04 µmol13 – 800.52.56302

0.2 µmol

8 – 80     

81 – 1504

2

0.5

10

2.5 

8

4

40 

20

2

1.0 µmol8 – 80735201002
15 µmolSentezlenemez

 

Size ulaşan oligoları nasıl çözdürüp kullanıma hazır hala getirmelisiniz?

DNA oligo sentezlerinde gösterdiği özveri ve başarıyı RNA oligolarında da gösteren Microsynth, bu ürünler için de geniş bir seçenek yelpazesi sunmaktadır.

RNA interference işleyişinde özellikle Gene Silencing işleminde göze çarpan siRNA sentezinde de aktif yer alan Microsynth, kullanıcılarına yine hızlı, güvenilir ve çalışma garantili ürünler sunmaktadır. Microsynth’in bu alanda en çok dikkat çeken özellikleri ise; sevkiyat gerçekleştirilmeden önce bütün ürünlerin MALDI-TOF MS kontrolü sağlanır, kullanıma hazır sıvı solüsyon içerisinde gönderilir, diğer oligo sentezlerinde olduğu gibi istek dahilinde bu üründe de modifiye edilme özelliği vardır. siRNA tasarımı için her zaman olduğu gibi her türlü teknik destekte müşterilerimizin yanındayız.

İsteğe özel sentez işlemleri de sunan Microsynth, bu alanda özellikle NGS ve SARS-CoV-2 için hazırladığı primer/probe setleri ile göze çarpmaktadır. Bu ürünler ile ilgili detaylı bilgi için bizimle iletişime geçebilirsiniz.

Müşterilerimizin tercihlerine göre oligolar sulandırılmış veya liyofilize olarak teslimatı gerçekleştirilir. Liyofilize(dried/ lyophilized) olarak size ulaşan oligolar için Genellikle oligolar sterile su veya 10 mM Tris-HCl buffer içerisinde iyi çözünür fakat aşağıdaki durumlar için farklı işlemler uygulanmalı ve bu durumlara dikkat edilmelidir;

  • Distile su yaklaşık 6.0 pH olduğu için floresan boya içeren oligolar, oligoların bozulmasına neden olacağı için bu suda çözülmemelidir. Onun yerine 10 mM Tris-HCl buffer (7.5 pH) içerisinde çözülmelidir.
  • Cyanine ailesinden (örnek olarak Cy3,Cy5 vs.) boya içeren oligolar ise 10 mM Tris-HCl buffer içerisinde çözünmemeli onun yerine distile suda çözünmelidir.

Size ulaşan oligoları saklamak istiyorsanız nasıl bir yol izlemelisiniz?

Çok sık çözme- dondurma (thawing-freezing) işlemi yapmaktan kaçınınız.

Kullanacağınız deneye göre saklama koşulunu belirleyiniz. (Aşağıdaki tablodan yardım alabilirsiniz.)

Saklanma HaliSıcaklıkKorunma Süresi
Kurutulmuş-25 ile -15 ArasıBirkaç Yıl
Kurutulmuş+15 ile +25 Arası5 Aydan Birkaç Yıla Kadar
Sıvı-25 ile -15 Arası6 Ay – 2 Yıl 
Sıvı+2 ile +8 Arası2 Ay – 1 Yıl
Sıvı+15 ile +25 Arası1 Hafta – 3 Ay 

Primer & Probe Dizaynı

Primer Probe Sentezi

DNA Base genomics Scale
DNA Base 0,04 umol
DNA Base 0,2 umol
HPLC Purification for each primer set 0,04/0,2 umol 
Wobble primers 
HPLC FAM-BHQ1/TAMRA Probe 0,04 umol
HPLC FAM-BHQ1/TAMRA Probe 0,2 umol
HPLC HEX/TET/ROX/JOE-BHQ1/TAMRA Probe 0,2 umol
HPLC Labeled Primers (FAM, HEX, NED) 0,2 umol
 
HPLC FAM – MGB Probe 0,04 umol
HPLC FAM – MGB Probe 0,2 umol
HPLC Yakima Yellow – BHQ1 Probe 0,2 umol
HPLC CY5 – BHQ2 Probe 0,2 umol
HPLC LNA  (yalnızca 0,2 umol