Yirminci yüzyılın başına kadar mikroorganizmalar özel kültür ortamlarına ekilerek ya da gram boyama teknikleri ile tanımlanabilmekteydi. Var olan kültür yöntemleriyle sınırlı sayıda mikroorganizmanın tanımı mümkün olmaktaydı. Kültür temeline dayanan yöntemler sayesinde mikrobiyota hakkında önemli bilgiler elde edilmiş olsa da moleküler yaklaşımların kullanılmasıyla birden fazla mikrobiyal toplulukların araştırılmasına imkân verilmiştir. Mikrobiyoloji biliminin ortaya çıkmasıyla beraber mikroorganizmaların biyokimyasal ve fizyolojik özelliklerine göre tanımlanmaya başlanması aslında moleküler mikrobiyolojinin ilk adımları sayılabilir. Tüm bu biyokimyasal ve fizyolojik olaylar aslında moleküler mekanizmalar tarafından yürütülmektedir. Moleküler yaklaşımların gelişmesiyle mikrobiyolojik çalışmaların da kapsamı genişlemiş olup, mikroorganizmalara dair bilgilerimiz de çoğalmıştır. Moleküler yaklaşımların artmasıyla yalnızca patojen bakterilerin tanımlanması değil bu bakterilerin tüm etmenlerinin de moleküler düzeyde araştırılabilmesi mümkün olmuştur.
Yüksek çözünürlüklü mikroskoplar arttıkça patojen mikroorganizmaların konakçı ile aralarındaki etkileşimler daha iyi gözlemlenmiştir. Ayrıca fonksiyonel metagenomik ile birlikte hangi genlerin ne zaman aktive edildiğine dair önemli bilgiler elde edilmiştir. 16S rRNA geninin dizilenmesi ile başlayan modern moleküler mikrobiyoloji teknikleri ile kültür yöntemlerinden bağımsız teknikler artık ön plana çıkmıştır. Mikroorganizmaların tanımlanması ve sınıflandırılması nükleik asitlerin tespiti ile mümkün olmaktadır. Yüksek özgüllük ve yüksek duyarlılığa sahip olan yöntemler kültür yöntemlerine göre oldukça avantaj sağlamaktadır.
DNA/RNA temelli yöntemler ile, genlere spesifik primer-probların hibridizasyon teknikleri ya da hedeflenmiş olan genlerin PCR ile çoğaltılması gelmektedir. 16S rRNA geni PCR primer-probları için en uygun korunmuş bölgeleri içerdiğinden ve duyarlılığın da yüksek olduğu bilindiğinden, identifikasyon için en çok tercih edilenidir. Mikroorganizmaların tanımlanması ve filogenetik araştırmalarda 16S rRNA geni hedef gen olarak kullanılmaktadır. Türkiye’de yapılan araştırmalarda en çok kullanılan moleküler tanımlama yöntemlerinin başında PFGE gelmektedir. Nükleik asitlerin kantitasyonu için kullanılan DGGE RFLP gibi metotlar kantitasyon için yeterli olamamaktadır. Alınacak numunelerin doğru bir şekilde alınması, DNA/RNA ekstraksiyon son ürünlerinin saklanması gibi basamaklar moleküler mikrobiyoloji analiz yöntemlerinin en kritik basamaklarıdır. PCR 1980’lerde ortaya çıktığı zamanlardan itibaren mikrobiyoloji alanında da yaygın olarak kullanılmaya başlanmıştır. Kullanılan klasik PCR yöntemlerinin dışında günümüzde en çok kullanılan yöntem qPCR’dir. Klasik PCR’den farklı olarak qPCR’de eş zamanlı olarak hedef DNA’nın amplifikasyonu izlenebilmektedir. Amplifikasyonun floresan yoğunluğu numunedeki hedef DNA’nın miktarına bağlıdır. Üçüncü nesil PCR teknolojisi ise dijital PCR’dir. dPCR moleküler mikrobiyoloji alanlarında kullanılmaya başlanan yeni bir yöntemdir. Standart eğriye gerek duyulmadan kantitasyon yapabilmesi, qPCR’ye göre artan hassasiyet ve duyarlılık, inhibitörlerin varlığında bile doğruluğun arttırılmış olması avantaj teşkil etmektedir. Son olarak yeni nesil dizilme yöntemleri (NGS) düşük maliyet ve hızlı bir şekilde dizilerin elde edilebildiği yöntemleri kapsamaktadır.sonuçta moleküler mikrobiyoloji alanında birçok çalışma için geliştirilmiş teknik mevcuttur. Hangi tekniğin çalışılması gerektiğine araştırmacının kendi ihtiyaçları göz önünde bulundurularak karar verilebilir.
Tüm bu gelişen teknolojiler ile Letgen Biyoteknoloji olarak üzerimize düşeni yaparak hem klasik ekim yöntemleri için hem de moleküler temelli mikrobiyoloji analizleri için hızlı ve uygun maliyetli ürünleri sunuyoruz.