Kanser - Letgen Bio Skip to content

Kanser

Kanser, en yalın tanımıyla hücrelerin anormal büyüme ve proliferasyon göstererek hem kendini hem de çevresindeki hücreleri etkileyen bir durum olarak tanımlanabilir. Vücudun herhangi bir yerinde başlayıp diğer doku veya organlara yayılabilirler. Normal hücreler doğar, büyür ve ölürken kanser hücreleri ise doğarlar, büyürler, biraz daha büyürler ve anormal şekilde büyümeye devam ederek sonunda diğer hücrelere yayılırlar.

Şekil 1 Normal ve kanser hücre karşılaştırması. Referans:https://www.cancer.gov/about-cancer/understanding/what-is-cancer#how-cancer-develops
Hala dünyanın en büyük sorunu olmakla beraber, 2015 yılında 8,8 milyon ölüme neden olmuştur ve dünyadaki tüm ölümlerin %15,7’sini oluşturmaktadır. Ulusal Kanser Enstitüsü’ne göre 2012’de 14,1 milyon yeni vaka ve 2015’te 90,1 milyon kişi kanser hastasıydı (Cancer statistics, 2016). Bu bilgi bile bize kanserin ne kadar hızlı yayılıp gelişebileceğini göstermektedir. Kanser hücreleri, genlerde görülen çoklu değişiklikler sonucu gelişir. Bu değişikliklerin birçok olası nedeni olabilir. Yaşam tarzı alışkanlıkları, ebeveynlerinizden aldığımız genler ve çevrede kansere neden olan ajanlara maruz kalınması önemli faktörler olarak gösterilebilir. Kanserin kesin bir tedavisinin olmamasının sebeplerinden biri de budur çünkü kanser çok hızlı değişebilmekte ve beklenmedik şekillere dönüşebilmektedir. Her insanın genetik geçmişi ve dolayısıyla tümör ortamları da farklıdır. Tümör heterojenitesi, bu durumu farklı veya aynı tümörlerde farklı mutasyonlar görülmesi olarak tanımlar (Marusyk, A., & Polyak, K. et al. (2010). Tumor heterogeneity: causes and consequences). Kanserli bir hücre bölündüğünde, birkaç mutasyon meydana gelir ve bu, çeşitli kanser hücresi popülasyonlarına yol açar. Her insanın DNA kodları farklı olduğundan ve çoğunlukla hücre çoğalırken mutasyonlar meydana geldiğinden, her mutasyon farklı sonuçlar verir. Bunun sonucu olarak da kanser hücreleri heterojenite göstermektedir ve bu da herkes için uygun ilacın bulunmasını zorlaştırmaktadır. Ayrıca hücreler sürekli olarak gelişmektedir. Bu gelişen-çoğalan aşama metastaza neden olur ve her hücre eskisinden farklı hale gelir. Bu aynı zamanda kanserin kişisel olmasının başka nedenidir çünkü bu gelişme adımı, kendine özgü genomik verilere dayalı olarak hastadan hastaya farklılık gösterir.
Şekil 2 Tek bir hücreden çeşitli yollarla nasıl farklı birçok kanser hücresinin oluşabileceğini gösteren figür. Referans:Dagogo-Jack, I., Shaw, A. Tumour heterogeneity and resistance to cancer therapies. Nat Rev Clin Oncol 15, 81–94 (2018). https://doi.org/10.1
Şekil 3 Kanser metastasını özetlemek üzere oluşturulmuş basit şema. Referans:Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania

Yani daha basit tabirle, fenotipte meme kanseri veya herhangi bir tür kansere sahip olarak gözüken iki kişinin aslında genotiplerinde, yani kansere sahip olmalarının altında yatan genetik sebeplerde farklılık olabilir. Kanser tedavisinde çeşitli yöntemler kullanılmaktadır, bunlara örnek olarak kemoterapi (chemotherapy-chemo drugs), ameliyat, immunoterapi veya Targeted therapy gösterilebilir. En yaygın olarak bilinen kemoterapik ilaçların ise toksisitesi yüksektir. Bu nedenle kanser hastalarında genellikle belirli sayıdan fazla farklı çeşitteki kemoterapik ilaç denemesinden ileriye geçilmez, çünkü kemoterapik ilaçlar kanser hücrelerini öldürmeye/baskılamaya çalışırken sağlıklı normal hücrelere de zarar verebilmektedir. İnsan vücudunun kaldırabileceği belirli bir toksisite seviyesi bulunmasından dolayı kemotrerapiye alternatif olarak kanser tedavisinde kullanılmak üzere çeşitli yöntemler geliştirilmeye çalışılmaktadır. İşte tam olarak bu noktada genetik analiz araştırma ve çalışmalarının önemi ortaya çıkmaktadır. Gen analizinden önce, hangi genlerin kansere neden olduğu ve normal hücrelerin nasıl kanserli hücrelere dönüştüğü belirsizdi. Genetik analizler bu kadar yaygın olmadan önce genotipteki farklılıkların es geçilmesinden dolayı aynı fenotipi gösteren hastalara aynı ilaçlar verilmekte ve tedaviye yanıt alınamamaktaydı. Günümüzde gelişen teknoloji sayesinde sekanslama yöntemlerinin çeşitlenerek ve maliyetinin de düşmesiyle, genetik araştırmalar daha ulaşılabilir ve yaygın hale gelmiş bulunmaktadır. Bu da doğal olarak alanda yapılan çalışma ve tedavi yöntemlerini çeşitlendirmiştir.

Genetik analiz araştırmalarında akıllara ilk gelen ve etkisini araştırma alanında muhteşem bir şekilde hissettiğimiz Next Generation Sequencing yani Yeni Nesil Sekanslama yöntemi karşımıza çıkmaktadır. En kısa tabirle, çok sayıda örneği farklı platformlar kullanarak aynı anda sekanslamak için kullanılan tekniklere verilen isimdir. Çok sayıdaki örnek aynı anda paralel olarak sekanslandığı için bu yönteme “paralel sekanslama” da denilmektedir. Milyonlarca ila milyarlarca DNA nükleotidi paralel olarak sıralanabilmektedir. Giga baz boyutta okumaları oluşturmak için gereken süre yalnızca birkaç gün veya saattir(Kchouk et al., 2017). Sanger veya diğer çeşitli sekanslama yöntemlerine karşı gösterdiği hız ve doğruluk payı sayesinde şu an günümüzde NGS birçok araştırma çalışmalarında kullanılmaktadır. En küçük mutasyonları bile tespit edebilme özelliğine sahip olmasından dolayı kanser araştırmalarında sıkça başvurulan yöntemlerden biridir. Buna örnek olarak Whole Exosome Sequencing(WES) gösterilebilir. WES, hastalıkla ilişkili genlerdeki mutasyonları ortaya çıkarır. Bu nedenle hastanın belirli kanser türlerini geliştirme riskini bulmamıza yardımcı olabilir. Araştırma amaçlı NGS çalışmalarınız için bizimle iletişime geçebilir ve bilgi alabilirsiniz.

Genetik ve moleküler araştırmalarda en önemli aşamalardan biri olan örnek hazırlama aşaması ise kanser alanında da önemini korumaktadır. Kanser araştırmalarında kullanılmak üzere örnekler plasma/serum, kan veya doku gibi örnekler alınabilir. Kanser taramalarında gösterge olarak Cell-Free DNA (cf-DNA) günümüzde sıkça kullanılmaktadır. Hücresiz DNA’ya (cfDNA) periferik kanda kolayca erişebilir ve kanser teşhisi, prognostik ve terapötikler için biyobelirteçler olarak kullanılabilinmektedir. Araştırmalarınızda kullanmak üzere Norgen Biotek markasına ait Plasma/Serum Cell-Free Circulating DNA Purification kitlerimize sayfamızdan göz atabilir, sorularınız için bizimle iletişime geçebilirsiniz. Kullanımı kolay ve kısa protokolleri sayesinde şu anda birçok merkezde tercih edilen kit olma başarısını göstermektedir. Aynı markaya ait diğer Plasma/serum kitlerine ise yine sayfamızda bulunan “Ürünler” kısmından ulaşabilirsiniz.

Toplanan örnekleri stabil koşullarda saklamak için ise özellikle Norgen cf-DNA/cf-RNA Preservative Tubes Cat#63950 ürünü gözlerden kaçırılmamalıdır. Tek bir tüpte hem cf-DNA hem de cf-RNA’nın korunması ve izolasyon işlemi için hazır beklemesini sağlarken aynı zamanda, fiksatif içermeyen koruyucusu ile DNA cross-linking engellerken, cf-DNA/ct-DNA’yı oda sıcaklığında 30 gün ve 37°C’de 8 güne kadar korur ve oda sıcaklığında 30 gün boyunca cf-RNA’yı korumaktadır. Dolaşımdaki Tümör Hücrelerini (CTC’ler) ise oda sıcaklığında 14 gün boyunca koruyabilmektedir. Diğer bir artısı ise nakliye/nakliye sonrasında plazma hacmi kaybı olmamasıdır. Türkiye’nin önemli kanser araştırma enstitülerinde özellikle tercih edilen bu ürünümüz hakkında detaylı bilgi almak için bizlerle her zaman iletişime geçebilirsiniz.