Primer/Probe Nedir?
Primerler (Oligonükleotid), kısa nükleotid dizileridir. Birçok moleküler ve genetik işlemlerde kullanılmaktadırlar. Nükleik asit probeları, hibridizasyon yoluyla spesifik nükleik asitsekanslarını tespit etmek için çok önemli reaktiflerdir. Çözelti halinde veya katı faza eklenmiş spesifik bir hibridize probeun görselleştirilmesi, hibridizasyon testinin temel prensibidir.
Üretilen primer ve probeların oligonükleotid dizisine spesifik olup olmadığı kalite kontrol testleri ile kontrol edilmelidir. Primerleri saflaştırma işlemleri olarak, standart desalted (DSLT) saflaştırma ve HPCL saflaştırma seçenekleri sunulabilir. Hangi saflaştırma yöntemi tercih edilirse edilsin PCR işleminde kullanılan son konsantrasyona göre sarfiyat değişkenlik gösterecektir. Bundan dolayı da hazırlanan sentez skalasına göre verilen tahmini PCR reaksiyon sayısı oldukça değişkenlik göstermektedir.
Liyofilize olarak gelen primer/probelar sıcaklık değişimlerinden etkilenmediği için oda sıcaklığında saklanabilir. Sulandırılma işlemi yapıldıktan sonra -20 ºC’de saklanmalıdır. Uzun süreli kullanımlar için don-çöz yapılmamalı ve aliquotlanarak kullanımı gerçekleştirilmelidir.
Primer/Probe Sulandırma İşlemi Nasıl Yapılır?
Oligonükleotidleri çözma işlemi için TE (Tris-EDTA tampon çözeltisi) veya DNaz/RNaz içermeyen su (DNase/RNase free water/DEPC water) kullanılır.
- 100 μM = 100 μMoles/L = 0.1 nMoles/μL
- Ana stok = 100 μM
Amount of Oligo
34.0 = 155.5 = 0.96
OD 260 nMoles mg
- 100 μM = X nmol liyofilize primer + (X × 10 μl H2O)
- Örneğin; 155.5 nmol primer varsa 1555 μl H2O eklenerek 100 μM primer ana stok oluşturulur.
- Çalışma stoğu = 10 μM olacak ise
- Primer ana stoğunu, H2O ile 1:10 steril mikrosantrifüj tüpünde seyreltilir.