Likit biyopsi, kanserden nörolojik hastalıklara kadar pek çok alanda devrim yaratan non-invazif bir tanı yöntemidir. Plazma, serum, idrar ve hücre kültürü ortamları gibi örneklerden elde edilen likit biyopsi materyalleri, hastalıkların erken teşhisi ve takibi için büyük bir potansiyele sahiptir. Ancak, bu örneklerden elde edilen RNA, özellikle de küçük boyutlu hücre dışı RNA (cfRNA), son derece düşük konsantrasyonlarda bulunur. Bu durum, RNA izolasyonu sırasında hedef RNA’nın gözden kaçmasına neden olabilir. Ayrıca, likit biyopsi örneklerinde kaçınılmaz olarak ortaya çıkan arka plan gürültüsü(background noise), RNA dizileme (sequencing) sürecini karmaşık hale getirir ve analiz ile yorumlama aşamalarında ciddi zorluklar yaratır.
Small RNA Sequencing(Small-seq) Karşılaşılan Sorunlar
Small RNA, özellikle mikroRNA’lar gibi küçük RNA molekülleri üzerine yapılan çalışmalar için kritik öneme sahiptir. Ancak bu süreçte bir dizi sorunla karşılaşılır:
1. Background Noise: İstenmeyen kaynaklardan gelen background noise, gerçek biyolojik sinyalleri maskeleyebilir. Bu durum, özellikle likit biyopsi örneklerinde düşük RNA konsantrasyonu nedeniyle daha belirgin hale gelir.
2. Yüksek Oranlı Haritalanmamış Diziler: Dizileme (sequencing) sürecinde elde edilen okumaların (reads) önemli bir kısmı, referans genom üzerinde doğru bir şekilde haritalanamaz. Yani, bu okumalar genomda nereye ait oldukları belirlenemeyen dizilerdir. Bu durum, özellikle likit biyopsi örneklerinde düşük RNA konsantrasyonu ve arka plan gürültüsü nedeniyle daha sık görülür. Haritalanmamış diziler, veri kalitesini düşürür ve gerçek biyolojik sinyallerin tespit edilmesini zorlaştırır. Bu da,araştırmacıların anlamlı ve güvenilir sonuçlar elde etmesini engeller.
3. Dizileme Kapasitesinin Boşa Harcanması: Dizileme sırasında elde edilen okumaların bir kısmı, biyolojik olarak anlamlı bilgi taşımaz. Bu “anlamsız okumalar”, dizileme kapasitesinin boşa harcanmasına neden olur. Örneğin, bir dizileme çalışmasında sınırlı sayıda okuma yapılabilir ve bu okumaların bir kısmı arka plan gürültüsü veya kontaminasyon kaynaklıysa, bu durum dizileme kapasitesinin verimsiz kullanılması anlamına gelir. Sonuç olarak, yeterli miktarda anlamlı veri elde edebilmek için ek dizileme çalışmaları yapmak gerekebilir. Bu da, daha fazla reaktif, zaman ve iş gücü gerektirerek maliyetleri artırır ve araştırma sürecini yavaşlatır.
EXTRAClean Serisi: Devrim Yaratan Bir Çözüm
Norgen Biotek’in EXTRAClean serisi, likit biyopsi örneklerinden RNA izolasyonu ve small-seq süreçlerinde karşılaşılan bu zorlukları ortadan kaldırmak için özel olarak tasarlanmıştır. EXTRAClean, geleneksel yöntemlerin aksine, arka plan gürültüsünü minimize ederek küçük RNA türlerinin daha iyi temsil edilmesini sağlar. Bu, dizileme sırasında haritalanmamış okumaları önemli ölçüde azaltır ve mikroRNA’ların haritalanma oranını on kata kadar artırır.
EXTRAClean’in Farkı Nedir?
• Gelişmiş Kimya ve SiC Reçine Teknolojisi: EXTRAClean serisi, aynı yüksek kaliteli SiC reçineyi kullanırken, geliştirilmiş kimyası sayesinde arka plan gürültüsünü büyük ölçüde azaltır. Bu, özellikle düşük miktarda RNA içeren örneklerde bile yüksek verim elde edilmesini sağlar.
• Tüm RNA Boyutlarını Yakalama: EXTRAClean, RNA’nın boyutuna göre herhangi bir ayrım yapmaz. Hem küçük hem de uzun RNA fragmanlarını etkili bir şekilde izole eder. Bu, likit biyopsi örneklerindeki tüm RNA türlerinin kapsamlı bir şekilde analiz edilmesine olanak tanır.
• Maliyet Etkinliği: EXTRAClean, dizileme maliyetlerini önemli ölçüde azaltır. Daha az haritalanmamış okuma ve daha yüksek verim, ek dizileme çalışmalarına olan ihtiyacı ortadan kaldırır.
NGS’de EXTRAClean Kullanmanın Avantajları
Next-Generation Sequencing (NGS) gibi hassas uygulamalarda EXTRAClean kullanmak, araştırmacılara büyük avantajlar sunar:
• Yüksek Hassasiyet: Düşük miktardaki RNA örneklerinden bile yüksek kaliteli veri elde edilmesini sağlar.
• Background Noise Minimizasyonu: Temiz ve gürültüsüz RNA örnekleri, daha doğru ve güvenilir sonuçlar sunar.
• Zaman ve Maliyet Tasarrufu: Daha az dizileme çalışması gerektirdiğinden, araştırma sürecini hızlandırır ve maliyetleri düşürür.
Sıkça Sorulan Sorular
1. EXTRAClean’in rakiplerinden farkı nedir?
Kullanıcılar neden EXTRAClean’itercih etmelidir? EXTRAClean, likit biyopsi örneklerinden small RNA izolasyonunda benzersiz bir performans sunar. Arka plan gürültüsünü minimize ederek, diğer kitlerde görülen sorunları ortadan kaldırır. Bu, daha yüksek verim ve daha düşük maliyet anlamına gelir.
2. NGS’de EXTRAClean kullanmanın avantajları nelerdir? Kullanıcılar neden EXTRAClean’i tercih etmelidir?
EXTRAClean, NGS sürecinde haritalanmamış okumaları azaltır ve mikroRNA’ların haritalanma oranını artırır. Bu, daha temiz ve anlamlı veri elde edilmesini sağlar, aynı zamanda maliyetleri düşürür.
3. EXTRAClean’in diğer #Norgen #RNA kitlerinden farkı nedir? Kullanılan SiCreçine mi değiştirildi?
EXTRAClean, aynı yüksek kaliteli SiC reçineyi kullanırken, geliştirilmiş kimyası sayesinde arka plan gürültüsünü azaltır. Bu, özellikle düşük miktarda RNA içeren örneklerde daha iyi sonuçlar elde edilmesini sağlar.
#EXTRAClean, likit biyopsi ve small-seq çalışmalarında yeni bir standart belirliyor. Daha temiz, daha verimli ve daha maliyet etkin bir çözüm arayan araştırmacılar için EXTRAClean, vazgeçilmez bir seçenektir.
Letgen Biyoteknoloji olarak Norgen Biotek ’in Türkiye’deki yetkili distribütörüyüz ve EXTRAClean serisi ürünlerini araştırmacıların kullanımına sunmaktayız. EXTRAClean’in likit biyopsi ve small RNA sequencing çalışmalarında sağladığı üstün performansı deneyimlemek için bizimle ile iletişime geçebilir, ürünler hakkında detaylı bilgi alabilir ve sipariş sürecini başlatabilirsiniz.
Letgen Biyoteknoloji olarak #EXTRAClean serisini temin etmenin yanı sıra, araştırmacılara teknik destek ve danışmanlık hizmetleri de sunmaktayız. Bu sayede, EXTRAClean’in avantajlarından en üst düzeyde faydalanabilir ve çalışmalarınızı daha verimli bir şekilde yürütebilirsiniz.
