Oligonükleotid Sentezi ve Dizaynı

 

Güvenilir ve hızlı moleküler çözümleriyle dikkat çeken Letgen Biotech, oligonükleotid sentez hizmetiyle de en çok tercih edilen markalardan biri olmaktan gurur duymaktadır. Sadece primer/probe sentezi yapmayan aynı zamanda müşterinin isteklerine ve projesine uygun primer/probe tasarımı yapan Letgen Biotech, sekans dizilerini tasarlayarak anlaşmalı olduğu, bir İsviçre firması olan Microsynth’e gönderir ve sentez işleminin orada gerçekleşmesini sağlar. Oligonükleotid sentezinde öncü markalardan biri olan Microsynth, 25 yılı aşkın deneyimi ve son teknoloji cihazları ile donatılmış akrediteli laboratuvarını kullanarak işleme hemen başlar ve primer/probe ürünlerinin 3 gün içerisinde sentezleyerek Türkiye’ye sevkini sağlar. Microsynth’in hızlı ve güvenilir sevkiyat sözünü benimseyen Letgen Biyoteknoloji ise sentezlenen oligonükleotidleri hiç beklemeden, uygun koşullar altında müşterileriyle buluşturur. Sentezlenmiş olan oligonükleotidler kalite sertifikaları ile teslim edilir ve Letgen Biyoteknoloji’nin Araştırma/Geliştirme ekibinin bünyesinde bulunan, alanında yetkin teknik personelleri ise satış sonrası oluşabilecek herhangi bir sorun için daima hazırda bekler.

Dye Position Excitation Emission
5' 3' int [nm] [nm]
AlexaFluor 350 X X   346 442
AlexaFluor 430 / 430-dT X X X 430 545
ATTO 425 X X   439 485
FAM / FAM-dT X X X 495 520
ATTO 488 X X   500 520
Dyomics510XL / 510XL-dT X X X 509 590
TET X     521 536
JOE / JOE-dT X X X 522 548
Yakima Yellow X     530 549
ATTO 532 X X   532 552
HEX X     535 556
Dyomics530 / 530-dT X X X 539 561
Cy3 / Cy3-dT x X X 546 563
ATTO 550 / 550-dT X X X 554 576
TAMRA / TAMRA-dT X X X 564 579
ATTO 565 X X   564 590
ROX / ROX-dT X X X 576 601
Texas Red X     586 610
California Red (Texas Red replacement) X     595 615
ATTO 590 X X   594 624
ATTO 620 X X   619 643
Dyomics630 X X   636 657
ATTO 647N / 647N-dT X X X 646 664
Cy 5 / Cy5-dT X X X 646 662
Methylene Blue (ATTO MB2) X X   668 x
Cy 5.5 X X   683 705
Dyomics681 X X   691 708
Cy7 X X   750 773
Dyomics781 X X   783 800



qPCR çalışmalarının başarısı büyük ölçüde doğru primer tasarımına ve PCR okumasının gerçek zamanlı yapılmasını sağlayan fluorasan reporterlara bağlıdır. Floresan reporter boyalar genellikle DNA-binding özelliğine sahip boyalardır örnek olarak SYBR-Green veya floresan boyalı primer/probelar örnek gösterilebilir. Yukarıdaki tabloda da görülebildiği üzere Microsynth, primer/probe boyaları alanında müşterilerine geniş bir seçenek yelpazesi sunmaktadır. Çalışmanıza ve bütçenize en uygun yöntemi yetkin teknik personellerimize danışarak sizler kendiniz de karar verebilirsiniz.

 

Yukarıda da bahsedildiği üzere Real-Time PCR uygulamalarında gerçek zamanlı takibi sağlayan faktör floresan reporterlardır ve kullanılan floresanlı moleküller bakımından ikiye ayrılır. DNA binding dye’lar ve Sekansa spesifik boyalı probe’lar.

DNA binding dye için verilebilecek en güzel ve en yayın örnek olan SYBR Green, çift sarmal yapıdaki DNA’nın küçük bir bölgesine bağlanır ve hafif bir ışıma yapar. Her döngüde, amplifikasyon arttıkça floresanlı kısım da artacağı için ışıma da artar ve gerçek zamanlı izlemeyi mümkün kılar. SYBR Green PCR koşullarında stabildir ve kanserojen madde içermez. Bu işlem için EtBr de kullanılabilir, eskiden bu yöntem daha çok tercih ediliyordu fakat kanserojen olması sebebiyle günümüzde safe-dye’lar daha sık kullanılmaya başlanmıştır.

 

Real-Time PCR’da diğer bir yöntem olan boyalı probelarda ise durum farklıdır. Bu yöntemde probelar hem floresan reporter boyalarla hem de quencher boyalarla işaretlenir. Bu probelar sadece sekansa spesifik primerler sayesinde oluşan PCR ürünlerine bağlanır ve kantifikasyon için izlenen floresan sinyali o zaman meydana gelir. Farklı probeları farklı boyalarla işaretleyerek aynı anda birden fazla farklı PCR ürünü elde edilebilir, bu durum multianalysis için olanak sağlar.

Probelar belirli sekanlar için tasarlanmış olan primerler ile oluşturulmuş PCR ürünlerine bağlandığı için yüksek hassaslığa sahiptirler. Fakat sekans-spesifik işaretli probeların tasarımı zahmetli ve maliyetli olabilir. Günümüzde hazır olarak en çok kullanılan probelar ise; TaqMan(Hydrolysis probes), Scorpion, FRET(Hybridization probes) ve Molecular Beacons örnek olarak gösterilebilir.

Müşterilerimizin en çok tercih ettiği, farklı teknolojileri içinde barındıran geniş probe seçenek yelpazesinde; FRET, MGB ve LNA probları da yer almaktadır.

 

Projenize hangisinin daha uygun olduğunu bizlere danışarak karar verebilir veya sizler için bu aşamayı tamamlamamızı isteyebilirsiniz.    

DNA oligo sentezinde geniş seçenekler sunan Microsynth, sadece sentezleme hacmi ve saflaştırma yöntemini seçmenize olanak sağlamakla kalmaz, aynı zamanda istediğiniz modifikasyonları yapmanıza da olanak sağlar. DNA oligo sentezlerinde baz alınan ölçekleri aşağıdaki tablolarda inceleyebilir, modifikasyonlar hakkında detaylı bilgiyi  research@letgenbio.com e-posta adresimizden talep edebilirsiniz.

 

Desalted DNA Oligos          
Synthesis scale1 Length Restriction Guaranteed Yield2 Average Yield production time [wd]
[OD260] [nmol]3 [OD260]2 [nmol]3
Genomics 13 - 60 2 10 8 40 1
0.04 µmol 13 - 80 3 15 9 45 1
0.2 µmol 6 - 1504 10 50 20 100 1
1.0 µmol 6 - 80 50 250 80 400 1
15 µmol 13 -60 700 3'500 1'000 5'000 2

 


HPLC Purified & Dialysed DNA Oligos 
       
Synthesis scale1 Length Restriction Guaranteed Yield2 Average Yield production time [wd]
[OD260] [nmol]3 [OD260]2 [nmol]3
Genomics Sentezlenemez
0.04 µmol Sentezlenemez
0.2 µmol 8 - 505 3 15 6 30 3
1.0 µmol 8 - 505 15 75 20 100 3
15 µmol 8 - 50 200 1'000 400 2'000 4

 

HPLC Purified DNA Oligos           
Synthesis scale1 Length Restriction Guaranteed Yield2 Average Yield production time [wd]
[OD260] [nmol]3 [OD260]2 [nmol]3
Genomics Sentezlenemez
0.04 µmol 13 - 50 1 5 4 20 2
0.2 µmol 6 - 505 3 15 7 35 2
1.0 µmol 6 - 505 15 75 26 130 2
15 µmol 6 - 5 300 1'500 500 2'500 3

 

PAGE Purified DNA Oligos        
Synthesis  scale1 Length Restriction Guaranteed Yield2 Average Yield production time [wd]
[OD260] [nmol]3 [OD260]2 [nmol]3
Genomics Sentezlenemez
0.04 µmol 13 - 80 0.5 2.5 6 30 2
0.2 µmol       8 - 80            81 – 1504       2         0.5      10         2.5            8              4            40              20 2
1.0 µmol 8 - 80 7 35 20 100 2
15 µmol Sentezlenemez


Size ulaşan oligoları nasıl çözdürüp kullanıma hazır hala getirmelisiniz?

DNA oligo sentezlerinde gösterdiği özveri ve başarıyı RNA oligolarında da gösteren Microsynth, bu ürünler için de geniş bir seçenek yelpazesi sunmaktadır.

RNA interference işleyişinde özellikle Gene Silencing işleminde göze çarpan siRNA sentezinde de aktif yer alan Microsynth, kullanıcılarına yine hızlı, güvenilir ve çalışma garantili ürünler sunmaktadır. Microsynth’in bu alanda en çok dikkat çeken özellikleri ise; sevkiyat gerçekleştirilmeden önce bütün ürünlerin MALDI-TOF MS kontrolü sağlanır, kullanıma hazır sıvı solüsyon içerisinde gönderilir, diğer oligo sentezlerinde olduğu gibi istek dahilinde bu üründe de modifiye edilme özelliği vardır. siRNA tasarımı için her zaman olduğu gibi her türlü teknik destekte müşterilerimizin yanındayız.

İsteğe özel sentez işlemleri de sunan Microsynth, bu alanda özellikle NGS ve SARS-CoV-2 için hazırladığı primer/probe setleri ile göze çarpmaktadır. Bu ürünler ile ilgili detaylı bilgi için bizimle iletişime geçebilirsiniz.

 

Müşterilerimizin tercihlerine göre oligolar sulandırılmış veya liyofilize olarak teslimatı gerçekleştirilir. Liyofilize(dried/ lyophilized) olarak size ulaşan oligolar için Genellikle oligolar sterile su veya 10 mM Tris-HCl buffer içerisinde iyi çözünür fakat aşağıdaki durumlar için farklı işlemler uygulanmalı ve bu durumlara dikkat edilmelidir;

  • Distile su yaklaşık 6.0 pH olduğu için floresan boya içeren oligolar, oligoların bozulmasına neden olacağı için bu suda çözülmemelidir. Onun yerine 10 mM Tris-HCl buffer (7.5 pH) içerisinde çözülmelidir.
  • Cyanine ailesinden (örnek olarak Cy3,Cy5 vs.) boya içeren oligolar ise 10 mM Tris-HCl buffer içerisinde çözünmemeli onun yerine distile suda çözünmelidir.

 

Size ulaşan oligoları saklamak istiyorsanız nasıl bir yol izlemelisiniz?

Çok sık çözme- dondurma (thawing-freezing) işlemi yapmaktan kaçınınız.

Kullanacağınız deneye göre saklama koşulunu belirleyiniz. (Aşağıdaki tablodan yardım alabilirsiniz.)

 

Saklanma Hali Sıcaklık Korunma Süresi
Kurutulmuş -25 ile -15 Arası Birkaç Yıl
Kurutulmuş +15 ile +25 Arası 5 Aydan Birkaç Yıla Kadar
Sıvı -25 ile -15 Arası 6 Ay - 2 Yıl 
Sıvı +2 ile +8 Arası 2 Ay - 1 Yıl
Sıvı +15 ile +25 Arası 1 Hafta - 3 Ay 

 

Primer & Probe Dizaynı

Primer Probe Sentezi

DNA Base genomics Scale
DNA Base 0,04 umol
DNA Base 0,2 umol
HPLC Purification for each primer set 0,04/0,2 umol 
Wobble primers 
HPLC FAM-BHQ1/TAMRA Probe 0,04 umol
HPLC FAM-BHQ1/TAMRA Probe 0,2 umol
HPLC HEX/TET/ROX/JOE-BHQ1/TAMRA Probe 0,2 umol
HPLC Labeled Primers (FAM, HEX, NED) 0,2 umol
 
HPLC FAM - MGB Probe 0,04 umol
HPLC FAM - MGB Probe 0,2 umol
HPLC Yakima Yellow - BHQ1 Probe 0,2 umol
HPLC CY5 - BHQ2 Probe 0,2 umol
HPLC LNA  (yalnızca 0,2 umol )

 

İletişim

Adresimiz

Kazım Dirik Mah. 296/2 Sok. No:33 Originn 35100
Bornova Izmir
TÜRKİYE

  • Email: info@letgenbio.com
  • Telefon: +90 850 441 2987
  • Fax: +90 232 971 0855

Bize Yazın

Adınız:
Email Adresiniz:
Mesajınız: