RNA araştırma

 

İşte Norgen’in SiC tabanlı RNA izolasyon teknolojisini klasik Silika teknolojisine tercih etmemiz için 5 neden

Bilginin kümülatif aktarımının sonucu olarak her yıl biyoteknoloji alanında sıçramalar ve buluşlar ortaya çıkmaktadır. Özellikle son zamanlarda içerisinde bulunduğumuz pandeminin de etkisiyle bu alana ilgi artmış, faaliyetler ve yatırımlara büyük bir önem verilmeye başlanmıştır. Günlük hayatımızın artık bir parçası olan Covid-19 ve bununla mücadele/ araştırma yöntemlerinde karşımıza sürekli çıkan “örnek toplama” ise hala aşılması gereken bir sorun olarak yerini korumaktadır. Bu konuya bu kadar önem verilmesinin nedeni ise, insandan alınan örnekler ile direkt çalışılması ve bu örneklerde virüs RNA’sının aktif olarak bulunmasından kaynaklı bulaş ihtimalinin çok yüksek olmasıdır. Bu yüzden şu anda aktif olarak birçok marka farklı örnek toplama şekilleri ve saklama koşulları aramaktadır. Örnek toplama ve saklamadan sonra gelen RNA izolasyonu ise biyoteknoloji alanında başlı başına ayrı bir çalışma konusu olmakla beraber bu alanda araştırmalar hız kesmeden devam etmektedir. Yapılan çalışmalarda sadece RNA eldesinin yetersiz gelmesiyle beraber bilim insanları bütün boyut ve tiplerden RNA elde etme yöntemleri geliştirmeye başlamışlardır. İlk olarak 1987 yılında Trizol veya TRI Reagent olarak bilinen acid phenol/ guanidine thiocyanate reaktiflerine dayanan bir RNA izolasyon yöntemi geliştirilmesiyle başlayan bu süreç çeşitli varyasyonlara uğrayarak ilerlemeye devam etmektedir. Geliştirilen bu ilk yöntemle yüksek verimlilikte sonuçlar elde edilmesine karşın bu süreç uzun sürmekte ve bazı zararlı organik çözeltiler kullanılmasına dayanmaktaydı. İlerleyen dönemlerde ise silika tabanlı spin column yöntemine dayanan total RNA izolasyon kitleri insanların dikkatini çekmeye başladı. Bu yönteme dayalı kitlerde phenol gibi zararlı bileşenlere gerek olmamasına karşın bu kitlerle elde edilen izole RNA genellikle 200 nükleotidden uzun olmakta ve small RNA’ler süreç dışı bırakılmaktaydı. Bu yöntemde; bağlanma, yıkama ve ayrıştırma basamakları temel alınarak, ortamdaki tuzlar sayesinde nükleik asitlerin silikadan oluşturulmuş membrana bağlanması sağlanır. Daha önce de belirtildiği gibi bu yönteme dayalı kitlerle genellikle small RNA’ların kolona bağlanması gerçekleşmez fakat acid phenol yardımı ile bu işlem gerçekleştirilebilir. Her ne kadar istenilen sonuçlar elde ediliyor olsa da tüm bu yöntemler zaman alıcı ve zararlı kimyasal içerikli olmayı sürdürmektedir. Bu nedenle tüm RNA tiplerini kapsayacak zararsız ve hızlı bir izolasyon yöntemine ihtiyaç duyulmaktaydı ve bu alandaki son yeniliklerden birine imza atan Norgen; Silicon Carbide tabanlı yöntemi ile karşımıza çıkıyor.

İşte Norgen’in Rakiplerinden Ayrılmasını Sağlayan Silicon Carbide Teknolojisinin 5 Özelliği;

 

      1. Geniş çaplı RNA bağlanma spektrumu

Klasik silika tabanlı teknolojide GC oranı ve moleküler ağırlığa göre RNA bağlanması değişkenlik gösterirken, Norgen’in silicon-carbide teknolojisinde GC yüzdelik, ağırlık veya başka bir parametreye bağlı kalmadan tüm RNA türleri için eşit bir bağlanma sağladığı görülmüştür. Bu eşit bağlanma oranına 200 nükleotidden küçük veya büyük small RNA türleri bile dahil edilmiştir. Geliştirilen bu teknoloji ile artık içeriğe veya ağırlığa bağlı false-negative sonuçlardan kaçınılmış olmaktadır.

       2. Yüksek Hassaslık

Viral deteksiyonda kullanılan çoğu RT-qPCR viral diyagnostik kitlerinin hassaslığı ne yazık ki kullanılan RNA kalitesine bağlı olarak değişmekte. Norgen’in SiC teknolojisi en yüksek verimlilikte viral RNA eldesine izin verirken aynı zamanda 400 copies/mL tükürük örneği ile deteksiyon çalışmalarına da olanak sağlar. (10 viral copies/PCR reaction). Bu özelliği asemptomik veya iyileşmekte olan hastalardan alınan az miktardaki örneklerle çalışma için ideal bir ortam sağlamaktadır.

SiC teknolojisinin RNA boyut ve cinsine bağlı kalmaksızın çalışabilmesi, Viral Taşıma Ortamında (VTM) saklanan nükleik asitlerin ileri zamanlardaki kullanımı açısından da avantaj sağlamaktadır. Çünkü zamanla bu medyada saklanan örnekler degrede olabilir. Zamanla solüsyon içerisinde degrede olup küçük fragmentlere ayrılmış nükleik asitleri bile başarıyla yakalayabilen bu teknoloji sayesinde parçalanmış viral RNA’lara ulaşılabilir. Silika bazlı çalışmalarda ise bu durum tam tersine işlemektedir yani; silika membran yeteri kadar hassas olmadığı için bu küçük degrede olmuş RNA’ları yakalayamaz ve false-negatif sonuçlar elde edilmesine sebep olur. SiC teknolojisinin kullanımı, zamana bağlı viral RNA degradasyonundan bağımsız olarak SARS-CoV-2'nin doğru tespitini sağlar.

       3. Taşıyıcı RNA-free ekstraksiyonu

Günümüzde aşırı düşük RNA içeriğinin bağlanma verimliliğini arttırmak için Poly(A) Taşıyıcı RNA kullanımı aşırı yaygınlaşmış durumdadır. Bu her ne kadar istenilen sonucu verse de taşıyıcı RNA’nın varlığı ileride gerçekleştirilecek bazı downstream uygulamalarının (RNAseq) hassaslığını olumsuz yönde etkileyebilir. Norgen’in bu alanda son olarak geliştirdiği yüksek hassasiyete sahip SiC teknolojisi sayesinde taşıyıcı RNA’ya gerek kalmadan aşırı düşük RNA girdileri ile çalışarak hedef sekansların verimliliği artmaktadır.

      4. Phenol/ chloroform-free ekstraksiyon

Yazının başında da bahsedildiği üzere, RNA izolasyonunda ağır kimyasal kullanımı her ne kadar istenilmese ve zararlı olsa da sıklıkla başvurulan bir yöntem olmaya devam etmektedir. Phenol/ chloroform hala yaygın olarak kullanılıyor olmasına karşın gerçekleştirilen işlemler çok yorucu olup yüksek hacimli sonuçlara ulaştıramamaktadır. Bunlara ek olarak, bu ağır kimyasalların kullanılması elde edilen sonucun saflığını da bozabilmektedir.

Rakiplerinden bu alanda da ayrılmayı başaran Norgen, kitlerinde hiçbir şekilde phenol/chloroform veya başka zararlı kimyasal kullanmamaktadır ve bu sayede elde edilen sonuç devamında uygulanacak hassas moleküler işlemler için saflığını korumuş olur.

  

        5. Virüs inaktivasyonu

Hastalık araştırmalarında toplanılan örneklerde evrensel transport medyası (UTM) ve VTM kullanılması sıklıkla karşılaşılan bir durumdur. Fakat bu şekilde taşınan örneklerin ne yazık ki bunlarla çalışan görevlilere bulaşarak hasta etme gibi bir olasılıkları vardır.

Norgen kitinin içerisinde bulunan Lysis Buffer A ve Buffer RL, UTM ve VTM medyaları ile uyum içinde çalışarak örnekleri bulaşıcı olmayan hale getirir ve bu medyaları kullanan örnekleme yöntemleri için idealdir.

 

W.S. Kim et al. tarafından 2015 yılında yayınlanan bir çalışmada(1) phenol/chloroform yöntemi, silica column ve SiC column yöntemleri karşılaştırılmıştır. Miktar olarak en fazla RNA eldesi phenol/chloroform yöntemi ile elde edilmiş olup bu sırayı silica column ve Sic column takip etmiştir(1). Fakat nitelik olarak bakıldığında yani elde edilen RNA saflığına bakıldığında phenol/chloroform yönteminin diğer iki column methodundan gözle görülür bir farkla düşük olduğu ve en yüksek verimin SiC teknolojisiyle elde edildiği gözlemlenmiştir(1). Bu verilerin önemi ileriki aşamalarda yapılacak downstream aşamalarında karşımıza çıkmaktadır. Phenol/chloroform methodunda elde edilen RNA verimi düşük olduğu olduğu için devamında gerçekleştirilecek PCR veya microarray gibi işlemler için clean-up prosedürü uygulanmak zorunda kalınmaktadır. Bu açıdan bakıldığında SiC teknolojisi ve Silica column yöntemi aynı verimliliği ve kolaylığı sağlarken, elde edilen small RNA bakımından birbirlerinden ayrılmaktadırlar(1). Elde edilen verilere göre, SiC teknolojisi silika spin columndan daha fazla small RNA pürifiye etmiştir(1). Agilent 2100 Bioanalyzer kullanılarak small RNA assay gerçekleştirildiğinde small RNA ve miRNA’lerin SiC teknolojisiyle pürifiye edilmiş örneklerde daha çok bulunduğu gözlemlenmiştir(1).

       1. Kim, W., Haj-Ahmad, Y., Stobbs, L. and Greig, N., 2015. Evaluation of viroid extraction methods and application of a one-step reverse transcription real-time polymerase chain reaction assay (RT- qPCR) for the rapid detection ofChrysanthemum stunt viroid(CSVd) infection. Canadian Journal of Plant Pathology, 37(2), pp.221-229.

 

 

RNA Purification Kits 
Ref Product Description Package
25710 RNase-Free DNase I Kit 50 Reactions
25720 Rnase-Free DNase I Kit 200 Reactions
25700 Animal Tissue RNA Purification Kit 50 Preps
60900 Cell Culture Media Exosome Purification and RNA Isolation Maxi Kit 15 Preps
60800 Cell Culture Media Exosome Purification and RNA Isolation Midi Kit 25 Preps
60700 Cell Culture Media Exosome Purification and RNA Isolation Mini Kit 50 Preps
60600 Cell Culture Media Exosome Purification Maxi Kit 15 Preps
60500 Cell Culture Media Exosome Purification Midi Kit 25 Preps
60400 Cell Culture Media Exosome Purification Mini Kit 50 Preps
21000 Cytoplasmic & Nuclear RNA Purification Kit 50 Preps
37400 Cytoplasmic & Nuclear RNA Purification Kit 100 Preps
58000 Exosomal RNA Isolation Kit (for use with Urine Exosome Purification Kits or Plasma/Serum Exosome Purification Kits) 50 Preps
36200 Fatty Tissue RNA Purification Kit 25 Preps
61200 FBS Exosome Depletion Kit I (Column Format) 6 Preps
61100 FBS Exosome Depletion Kit I (Slurry Format) 6 Preps
61300 FBS Exosome Depletion Kit II (Column Format) 12 Preps
61400 FBS Exosome Depletion Kit II (Slurry Format) 12 Preps
25400 FFPE RNA Purification 96-Well Kit 2 Plates
25300 FFPE RNA Purification Kit 50 Preps
37800 Leukocyte RNA Purification 96-Well Kit 2 Plates
21200 Leukocyte RNA Purification Kit 50 Preps
21250 Leukocyte RNA Purification Plus Kit 50 Preps
54700 Plant microRNA Purification Kit 25 Preps
25850 Plant/Fungi Total RNA Purification 250 Preps
31900 Plant/Fungi Total RNA Purification 96-Well Kit 2 Plates
25800 Plant/Fungi Total RNA Purification Kit 50 Preps
31350 Plant/Fungi Total RNA Purification Kit 100 Preps
68200 Plasma/Serum cfc-RNA Advanced Purification Kit 50 Preps
29500 Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification 96-Well Kit (Slurry Format) 1 Plate
42800 Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Kit (Slurry Format)  50 Preps
50900 Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Maxi Kit (Slurry Format)  25 Preps
51000 Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Mini Kit (Slurry Format)  50 Preps
59700 Plasma/Serum Exosome and Free-Circulating RNA Isolation Maxi Kit 15 Preps
59600 Plasma/Serum Exosome and Free-Circulating RNA Isolation Midi Kit 25 Preps
59500 Plasma/Serum Exosome and Free-Circulating RNA Isolation Mini Kit 50 Preps
58600 Plasma/Serum Exosome Purification and RNA Isolation Maxi Kit 15 Preps
58500 Plasma/Serum Exosome Purification and RNA Isolation Midi Kit 25 Preps
58300 Plasma/Serum Exosome Purification and RNA Isolation Mini Kit 50 Preps
57600 Plasma/Serum Exosome Purification Maxi Kit 15 Preps
57500 Plasma/Serum Exosome Purification Midi Kit 25 Preps
57400 Plasma/Serum Exosome Purification Mini Kit 50 Preps
56200 Plasma/Serum RNA Purification Maxi Kit 10 Preps
56100 Plasma/Serum RNA Purification Midi Kit 20 Preps
55000 Plasma/Serum RNA Purification Mini Kit 50 Preps
43400 Preserved Blood RNA Purification Kit I (For use with Tempus™ RNA Blood Tubes) 50 Preps
43500 Preserved Blood RNA Purification Kit II (For use with PAXgene™ Blood RNA Tubes) 50 Preps
21201 RBC Lysis Buffer 90 mL
21207 RBC Lysis Buffer 1000 mL
21205 RBC Lysis Solution 500 mL
65300 Saliva Exosome Purification Kit 50 Preps
51800 Single Cell RNA Purification Kit 50 Preps
27750 Soil Total RNA Purification Kit 50 Preps
49500 Stool Total RNA Purification Kit 50 Preps
17200 Total RNA Purification Kit 50 Preps
37500 Total RNA Purification Kit 100 Preps
17250 Total RNA Purification Kit 250 Preps
24300 Total RNA Purification Kit - 96 Well Plate Format 2 Plates
26800 Total RNA Purification Maxi Kit 8 Preps
35300 Total RNA Purification Micro Kit 50 Preps
35350 Total RNA Purification Micro Kit 250 Preps
48300 Total RNA Purification Plus Kit 50 Preps
48400 Total RNA Purification Plus Kit 100 Preps
48500 Total RNA Purification Plus Micro Kit 50 Preps
57100 Urine Cell-Free Circulating RNA Purification Maxi Kit 10 Preps
57000 Urine Cell-Free Circulating RNA Purification Midi Kit 20 Preps
56900 Urine Cell-Free Circulating RNA Purification Mini Kit 50 Preps
22550 Urine Exfoliated Cell and Bacteria RNA Purification Kit 25 Preps
59400 Urine Exosome and Free-Circulating RNA Isolation Maxi Kit 15 Preps
59300 Urine Exosome and Free-Circulating RNA Isolation Midi Kit 25 Preps
59200 Urine Exosome and Free-Circulating RNA Isolation Mini Kit 50 Preps
58800 Urine Exosome Purification and RNA Isolation Maxi Kit 15 Preps
58700 Urine Exosome Purification and RNA Isolation Midi Kit 25 Preps
58400 Urine Exosome Purification and RNA Isolation Mini Kit 50 Preps
57900 Urine Exosome Purification Maxi Kit 15 Preps
57800 Urine Exosome Purification Midi Kit 25 Preps
57700 Urine Exosome Purification Mini Kit 50 Preps
47200 Urine Exosome RNA Isolation Kit 50 Preps
29000 Urine microRNA Purification Kit 25 Preps
29650 Urine Total RNA Purification Maxi 96-Well Kit (Slurry Format) 96 Preps
29600 Urine Total RNA Purification Maxi Kit (Slurry Format) 50 Preps
Dx29600 Urine Total RNA Purification Maxi Kit Dx (Slurry Format) 50 Preps
Dx49500 Stool Total RNA Purification Kit Dx 50 Preps
Dx17200 Total RNA Purification Kit Dx 50 Preps
Dx42800 Plasma/Serum Circulating RNA and Exosomal Purification Kit (Slurry Format) Dx 50 Preps
Dx25300 FFPE RNA Purification Kit Dx 50 Preps
cDNA Synthesis
Ref Product Description Package
GK80.0100 Xpert cDNA Synthesis Kit 100rxn
GK81.0100 Xpert cDNA Synthesis Mastermix 100rxn
GK82.0100 Xpert cDNA Synthesis Supermix (with gDNA eraser) 100rxn
GK64.0100 Xpert One-Step RT-PCR Kit 100rxn
GK83.0200 gDNA Eraser DNA Removal Kit 200rxn
GE85.0100 RNase Inhibitor (40 U/uL) 100uL
GK84.0050 Xpert cDNA Ready Lysis Kit 50rxn
RNA Storage & RNAse decontamination
Ref Product Description Package
GB33.0100 RNA Stand-by Solution 100mL
GB43.500S RNAse Xterminator Spray 500mL

 

İletişim

Adresimiz

Kazım Dirik Mah. 296/2 Sok. No:33 Originn 35100
Bornova Izmir
TÜRKİYE

  • Email: info@letgenbio.com
  • Telefon: +90 850 441 2987
  • Fax: +90 232 971 0855

Bize Yazın

Adınız:
Email Adresiniz:
Mesajınız: